保铃棉是一种抗虫棉，而不是无虫棉。它只能杀死鳞翅目昆虫的低龄幼虫；而对棉田中的所有其它生物没有杀伤作用，也就是说，保铃棉对鳞翅目昆虫以外的所有害虫、益虫和病害都不起作用。经几年来研究显示，保铃棉田的主要害虫为刺吸式口器昆虫，主要有盲蝽象、经蜘蛛、蓟马、棉蚜及棉叶蝉等。原因是保铃棉田几乎不用农药防治棉铃虫，这就使得这些在常规棉田无需专门防治的害虫在保铃棉田则需要防治。建议在防治红蜘蛛时，选用哒螨酮，在防治蚜虫、蓟马时，使用吡虫啉（大功臣）等选择性强、对天敌安全的杀虫剂。由于保铃棉花粉中的毒蛋白浓度较低，当棉铃虫大爆发时，可能会有个别棉铃虫幼靠吃花粉而存活下来，应特别注意加强对第三、四代（即棉田第二、三代）棉铃虫的系统监测。当发出保铃棉田每百株有三龄及以下棉铃虫20头时，应及时采取综合防治措施。由于绝大多数棉铃虫幼虫都躲在花中为害，因此人工摘除蔫花是一项行之有效的防治方法。在鳞翅目害虫中，保铃棉对斜纹纹夜饿和甜菜夜峨的防治效果不特别理想，应注意加强监测。对于所有其它病虫害，可参照常规棉田的防治方法进行除治。